Mai târziu, nepotul său Brâncoveanu Constantin, “boier vechi şi domn creştin” (aşa cum a fost personificat în balada culeasă de Alecsandri), în dorinţa sa de a stăvili fenomenul de catolicizare al lăcaşelor de cult din Transilvania impuse de habsburgi, a decis să întărească zidurile bisericii, înlocuind lemnul cu piatră şi cărămidă. A înfiinţat apoi o şcoală de grămătici, un atelier de pictură în frescă şi ulterior o tipografie. Nu se ştie exact data ridicării bisericii din piatră, hrisoavele vremii datează evenimentul în jurul anului 1696. După ceva vreme, la 15 august 1714, la împlinirea vârstei de 60 de ani, voievodul Brâncoveanu avea să fie decapitat împreună cu cei patru fii şi sfetnicul său Ianache, tocmai la Constantinopole. Menţinându-şi credinţa în ortodoxism, acesta îl înfruntă pe sultanul Ahmed, preferând în schimb să-şi vadă copiii pierind unul după altul. Scena cumplitelor crime este dramatic zugrăvită pe peretele de la intrarea în Paracliser, aflat la etajul 1 al complexului de la Sâmbăta de Sus. Trupurile brâncovenilor, recuperate de creştini din Bosfor sunt ulterior îngropate în secret de Doamna Marica, rudă prin alianţă cu voievodul, în biserica Sfântul Gheorghe Nou din Bucureşti. Mulţi pelerini trăiesc cu convingerea că rămăşiţele brâncovenilor s-ar afla în incinta mănăstirii de la Sâmbăta însă placa funerară este doar un omagiu.